Na twee eerdere avonturen beleven de praatgrage knaagdiertjes in Alvin and the Chipmunks: Chipwrecked een volgend avontuur. Ditmaal gaan Alvin, Simon, Theodore en de Chipettes op vakantie met een luxe cruiseschip. Het feest wordt abrupt verstoord als het schip strandt op een onbewoond eiland. De Munks en Chipettes komen al gauw voor nog meer verrassingen te staan als ze op avontuur gaan met een schipbreukeling die zich op het eiland bevindt.