Egypte, 415 na Christus. In de stad Alexandrë wordt een religieuze strijd uitgevochten. Binnen de muren van de beroemde bibliotheek vecht Hypatia, een gerespecteerde wiskundige en sterrenkundige, voor het behoud van de kennis en wijsheid van haar voorvaderen. Daarbij wordt ze geholpen door haar studenten, waaronder de twee mannen die om haar liefde strijden. Ondanks hun steun dreigt Hypatia het slachtoffer te worden van een gruwelijk kerkelijk complot.